Trong hướng dẫn tại Quyết định 1403/QĐ-TCT về việc ban hành Quy trình Phối hợp trao đổi thông tin đăng ký doanh nghiệp giữa cơ quan thuế và cơ quan đăng ký kinh doanh, việc xử lý các sai khác về thông tin đăng ký kinh doanh và đăng ký thuế sẽ được tiến hành nhằm đảm bảo thông tin về doanh nghiệp khớp nhau trong hệ thống của 2 ngành.

Theo Quyết định này, khi thông tin không khớp nhau, Cục Phát triển doanh nghiệp (Bộ Kế hoạch và Đầu tư) làm đầu mối liên hệ, đôn đốc doanh nghiệp thực hiện đối chiếu và điều chỉnh thông tin sai lệch. Việc thông báo thông tin sai lệch của doanh nghiệp được thực hiện theo phương thức thông báo công khai trên Cổng thông tin Đăng ký doanh nghiệp quốc gia của Bộ Kế hoạch và đầu tư và gửi thông báo trực tiếp tới doanh nghiệp. Sau khi đối chiếu thông tin sai lệch, mọi thay đổi thông tin của doanh nghiệp được thực hiện đúng quy trình đăng ký thông tin thay đổi quy định tại quy trình này.