Đăng ký doanh nghiệp qua mạng điện tử trong Hệ thống thông tin đăng ký doanh nghiệp quốc gia sẽ giảm thiểu sự can thiệp chủ quan của con người tới quy trình đăng ký doanh nghiệp.

Mặc dù đăng ký doanh nghiệp qua mạng điện tử vẫn đang trong giai đoạn tiếp tục hoàn thiện dần, song phải khẳng định rằng phần mềm được thiết kế để thực hiện các quy định về đăng ký qua mạng điện tử tại Nghị định số 43/2010/NĐ-CP về đăng ký doanh nghiệp và Thông tư số 14/2010/TT-BKH hướng dẫn có nhiều tính năng nổi trội so với các phần mềm đang được ứng dụng tại một số cơ quan đăng ký kinh doanh.

Thứ nhất, hệ thống tự kiểm tra được tính hợp lý của hồ sơ, do vậy giảm thiếu được sự can thiệp của con người vào quy trình xử lý nghiệp vụ, nhằm hạn chế những tiêu cực có thể phát sinh trong quá trình xử lý hồ sơ đăng ký doanh nghiệp.

Thứ hai, thông tin do người thành lập doanh nghiệp tự khai và tự chịu trách nhiệm sẽ được chuyển trực tiếp vào cơ sở dữ liệu quốc gia.

Thứ ba, việc thực hiện việc đăng ký doanh nghiệp điện tử sẽ áp dụng được ngay đối với trường hợp nguời thành lập doanh nghiệp có chữ ký điện tử.

Thứ tư, việc trao đổi thông tin với Tổng cục Thuế, lấy mã số thuế tự động và việc trao đổi thông tin về mã số thuế được thực hiện tập trung tại cấp trung ương để đảm bảo sự thống nhất nghiệp vụ trên phạm vi cả nước.

Đặc biệt, dịch vụ đăng ký kinh doanh trực tuyến của Hệ thống thông tin đăng ký doanh nghiệp quốc gia đuợc sử dụng thống nhất trên phạm vi toàn quốc. Mọi sự khác biệt đang có giữa các hệ thống đăng ký kinh doanh hiện nay sẽ được xoá bỏ.

Như vậy, hệ thống thông tin đăng ký doanh nghiệp quốc gia sẽ hoạt động đúng vai trò là hệ thống thông tin nghiệp vụ chuyên môn về đăng ký doanh nghiệp do Bộ Kế hoạch và Đầu tư chủ trì, phối hợp với các cơ quan có liên quan xây dựng và vận hành để gửi, nhận, lưu trữ, hiện thị hoặc thực hiện các xử lý khác đối với dữ liệu phục vụ công tác đăng ký doanh nghiệp.

Hơn thế, hệ thống thông tin đăng ký doanh nghiệp quốc gia được thiết kế theo hướng cho phép cán bộ làm công tác đăng ký kinh doanh tại các tỉnh/thành phố trong cả nước có thể sử dụng ứng dụng phần mềm cấp đăng ký doanh nghiệp bằng cách truy cập vào Cổng thông tin đăng ký doanh nghiệp quốc gia như các trang web điện tử khác mà không làm thay đổi hệ thống công nghệ thông tin của các địa phương đang sử dụng.