Cụ thể, với doanh nghiệp chưa có đăng ký kinh doanh, nhưng lại có trong cơ sở dữ liệu của ngành thuế, Tổng cục Thuế chuyển toàn bộ thông tin về doanh nghiệp cho Bộ Kế hoạch và Đầu tư, đồng thời chỉ đạo Cục Thuế yêu cầu các doanh nghiệp này phải đăng ký kinh doanh theo quy định của pháp luật.

Tuy nhiên, mã số doanh nghiệp mà cơ quan thuế truyền sang Hệ thống đăng ký kinh doanh quốc gia là mã số mà cơ quan thuế đã cấp cho doanh nghiệp trước đây, đang có trong hệ thống đăng ký thuế để đảm bảo dữ liệu về quản lý thuế trong ngành thuế không bị ảnh hưởng.

Với các doanh nghiệp có trong cơ sở dữ liệu đăng ký kinh doanh, nhưng không có dữ liệu tại cơ quan thuế, cơ quan đăng ký kinh doanh xác định, nếu doanh nghiệp vẫn đang hoạt động thì thông báo doanh nghiệp bổ sung thông tin đăng ký thuế. Mã số doanh nghiệp là mã số thuế được cơ quan thuế cấp mới.